Nadat de eiwitten in het maag-darmkanaal zijn afgebroken tot aminozuren, komen ze via de darmwand in het bloed en via de poortader naar de lever. De lever gebruikt de aminozuren om bloedeiwitten te bouwen. In combinatie hiermee bereiken de aminozuren alle lichaamscellen. Er vindt een constante vernieuwing van lichaamseiwitten in de cellen plaats. De eiwitten in de lever, alvleesklier en bloed worden ongeveer elke tien dagen vernieuwd, en in de huid en spieren ongeveer elke 100 dagen. Wanneer eiwitten worden vernieuwd, gaan aminozuren verloren: de nieren en de lever breken ze af in kooldioxide, water, ammoniak en energie. Omdat ammoniak schadelijk is voor de cellen, bindt het zich aan ureum en wordt het via de urine uitgescheiden.
Wanneer er een tekort aan koolhydraten is, worden lichaamseiwitten afgebroken om aminozuren te gebruiken om glucose op te bouwen. Het is daarom belangrijk dat er bij een lage koolhydraatinname (bijvoorbeeld low carb) voldoende eiwit in de voeding zit. Zowel vetten als koolhydraten kunnen worden opgebouwd uit het stikstofvrije deel van de aminozuren. Omgekeerd kan het organisme ook onnodige aminozuren uit vetten en koolhydraten vormen.